El procedimiento resarcitorio se inicia como resultado de las auditorías que realiza la Secretaría y los órganos de control interno, quienes al identificar un probable daño o perjuicio levantan un pliego preventivo en contra de los presuntos responsables.

El procedimiento empieza con la notificación al presunto responsable de su citatorio a garantía de audiencia, en donde se le señalan el día, hora y lugar en que se llevará a cabo, y el daño o perjuicio que se le imputa.

Continúa con el desahogo de la garantía, de manera personal o por escrito, en la cual se reciben y desahogan las pruebas del implicado y se escuchan tanto las defensas que hace valer, como los alegatos que exponga.

El procedimiento concluye con la resolución que dicta la autoridad.

Las resoluciones pueden ser absolviendo al implicado, en caso de que se desvirtúen las imputaciones que le fueron hechas, o bien, sancionando al responsable cuando éstas se confirmen.